Su topónimo parece proceder de la aglutinación del sustantivo latino “villa” con sentido de granja, quinta, etc. más el nombre de persona o antropónimo Falcón, sería pues el lugar de la pequeña quinta de Falcón.
Ya en el siglo X se cita un Villalcón, despoblado de Palenzuela, en el fuero de esa localidad del conde Don Sancho. Asimismo en la documentación de la Abadía de Lebanza se cita a nuestro Villalcón como un lugar propio de un primitivo repoblador denominado Falcón Álvarez, quien lógicamente daría su nombre a esta localidad. Adelante en el tiempo, se nombraría a este pueblo como “Villa falcón de los Caballeros”.
A mediados del siglo XIX contaba con 90 casas, con ayuntamiento, cárcel, escuela con 50 escolares de ambos sexos, cuando cobraba su maestro 12 cargas de trigo: 5 del común y 7 que pagaban los padres. Contaba entonces con dos ermitas: una del Cristo del Humillado y otro que advocaba a Nuestra Señora de Páramo. Su población en esta época era de 70 vecinos.
A mediados del siglo XIX Villalcón contaba con 374 habitantes, en 1900 con 543, en 1930 con 441, en 1960 con 382 y en 2005 con solamente 81.